主缸加亚甲基蓝后几天变清的可能原因是亚甲基蓝起到了抑菌作用，降低了水中细菌数量，减少了水中浊度。
另外，如果水质本身并没有问题，只是有轻微的微生物污染，主缸中的过滤系统和水草可以逐渐将污染物去除，最终使水变清。但是，如果水质本身存在严重问题，加亚甲基蓝并不能解决根本问题，需要进一步了解造成水质问题的原因并采取措施解决。
加了亚甲基蓝的主缸，如果在几天之后变清，很有可能是因为亚甲基蓝已经被微生物吸收、分解或者沉积在了水底。亚甲基蓝是一种强效的细菌抑制剂，它被广泛应用于水产养殖、实验室等领域。在鱼类养殖过程中，加入适量的亚甲基蓝可以有效地预防和控制一些细菌性疾病。然而亚甲基蓝也会影响水质，如果过量使用或者使用时间过长，会对水生生物造成负面影响。因此在养鱼和实验室等领域使用亚甲基蓝时，需要非常谨慎。