是第四集出现的。
瞳孔中的暗杀者是剧场版的第四部，2000年发行。大致内容：两名刑警先后被杀，警视厅陷入前所未有的危机中。
白鸟警官的妹妹婚庆宴上，佐藤遭到枪击，在场的兰看到了犯人的真面目，却因受了刺激而失去记忆。
毛利等人怀疑犯人是警界人士，甚至是高层。失去记忆的兰不断受到犯人的攻击，为了找回记忆，众人带兰去多罗碧加乐园，却因误认犯人而放松警惕。
此时，找出真凶的柯南赶往乐园保护兰……最后在喷水池中，兰找回了记忆，并狠揍了一顿犯人。
凶手是那个医生风户京介，他杀了4个人，分别是：
奈良泽治（警察）、芝阳一郎（警察）、仁野保（以前案子中的死者，医生）、友成警部（友成真之父，曾是奈良泽治、芝阳一郎和佐藤警官的上司）
答：瞳孔本身是透明的，我们所说的“棕色瞳孔”是指的虹膜（周围彩色的部分）呈现出棕色。
虹膜中含有色素细胞，此细胞产生的色素称为黑色素（melanin）。黑色素的含量及其分布状态决定了虹膜的颜色。棕色的瞳孔是因为虹膜色素细胞内黑色素含量较高，这让虹膜呈现出棕色。
人类瞳孔的颜色有多种，除了棕色之外，还有蓝色、绿色、灰色等。虹膜中黑色素的含量、分布以及虹膜中的胶原蛋白纤维结构共同影响着瞳孔颜色的表现。具体到个体之间的差异，遗传和环境因素都会在一定程度上影响瞳孔颜色。