蛋白质消化的方程式为酶+水+蛋白质→氨基酸。在胃部，胃液中的胃酸可以帮助降低pH值和蛋白质的分解。一旦蛋白质到达小肠，胰蛋白酶将分解大部分蛋白质成小肽和氨基酸。
接着肠壁上的小肽酶和氨基酸酶进一步分解小肽和残留的氨基酸，以便它们被身体吸收。
然后氨基酸进入血液和组织，进行体内新陈代谢的各个方面，如生长、修复和能量维持。
消耗蛋白质时需要脂肪作为能源来源。在进行高强度的运动和长时间的有氧运动时，蛋白质也会被分解为能源，但这只是在身体缺乏足够的碳水化合物和脂肪时发生的。
如果脂肪摄入不足，身体就会使用蛋白质来供能，这会导致肌肉组织的分解，降低肌肉质量和身体机能。因此，保证足够的脂肪摄入对于维持身体健康和运动表现非常重要。
蛋白质的消化过程从口腔开始，在口腔内的唾液中就有一种叫做唾液酸酶的酶能够开始分解蛋白质。
蛋白质随后通过食管进入胃中，胃液中的胃酸和胃蛋白酶作用下，将蛋白质分解成小肽链和氨基酸。
随后，食物进入小肠后，胰蛋白酶、胰脂酶和胰凝乳酶等肠道内的酶会进一步分解蛋白质，并吸收到体内，供给机体建立新的蛋白质，促进身体生长与修复。这些消化过程和酶的作用可用化学方程式表示：蛋白质+酶→小肽+氨基酸。