服用益生菌时一般用温水或直接加入牛奶、米糊等流质食品中调匀饮用。
每日服用2次，每次1袋。一般不宜用超过40℃的水冲服，可能会破坏益生菌中的有效成分，也会烫到宝宝。服用益生菌产品建议饭后(大概20分钟左右)吃，这时候胃酸浓度大大降低，大部分益生菌就能顺利到达肠道，发挥作用。
小孩吃益生菌通常需要持续服用一段时间，一般为1-3个月左右。
需要持续服用益生菌的时间主要是因为它们需要时间来建立和维持健康的肠道菌群。益生菌通过抑制有害菌的生长，增加有益菌的数量和多样性，帮助维护肠道健康。但是肠道菌群的恢复和调整是一个渐进的过程，不会在短时间内完成。通过连续服用益生菌，可以逐步改善肠道菌群的平衡，提高免疫功能，减少肠胃问题等。
益生菌一般可以在吃奶前口服，还有也可以和奶同服，或者是在奶后半小时服用，这并没有严格的要求，通常空腹喂效果最好。