南京卫生职业学校有三个校区，分别是紫金校区、江宁校区和玄武校区。它们之间的区别如下：

1. 紫金校区：位于南京市玄武区中山东路305号。紫金校区是南京卫生职业学校的主校区，也是南京市卫生职业教育的重要基地之一，是学校办学历史最久的校区。紫金校区占地面积较小，主要教学楼为紫金楼、光华楼等，设有护理、康复、药学等多个专业。

2. 江宁校区：位于南京市江宁区秣陵街道文德西路2号。江宁校区成立于2008年，占地面积较大，主要教学楼为江宁楼、莲池楼等，设有临床医学、预防医学、口腔医学等多个专业。

3. 玄武校区：位于南京市玄武区瑞金路93号。玄武校区成立于2012年，是南京市卫生职业学校的新校区，占地面积约为15万平方米，是南京市教育局重点建设的“新农村示范校”。玄武校区设有护理、药学、医学检验等多个专业，教学楼设施齐全，包括玄武楼、金银楼、校医院等。