北京市针对培训机构的违规补课行为制定了相关的惩罚措施和规定，具体如下：

罚款：根据《北京市教育委员会关于规范校外培训机构课后服务行为的通知》的规定，违规补课的机构将被处以20,000元至50,000元不等的罚款。

关闭整顿：如果发现培训机构的违规补课行为属于严重违规情况，北京市教育行政部门将会下达整顿通知，要求该机构停止违规行为并接受整顿。整顿期间，该机构暂停业务，需要整改完毕并经过审核才能重新开展业务。

取消许可证：如果培训机构的违规行为属于特别严重的情况，如多次违规补课，违规补课人数较多等，教育行政部门可以取消该机构的办学许可证，使其无法继续开展教育培训业务。

其他惩罚措施：教育行政部门还可以采取其他的惩罚措施，如约谈、通报批评、公开曝光等。

总的来说，北京市教育行政部门对违规补课行为持续保持高压打击的态度，加大了对培训机构的监管力度，以确保学生的权益和校外教育市场的规范有序。