在《封神榜》中，妲己的最终命运是被女娲娘娘重塑身体并收为门下弟子，在女娲宫中潜心修炼。

妲己原本是一个端庄的女子，但被九尾狐狸精害死并借其身体祸乱朝纲。在商朝灭亡后，九尾狐狸精被姜子牙诛杀，而妲己的魂魄则被女娲娘娘召回并重塑身体，使其得以还阳。女娲娘娘认为妲己虽然曾受九尾狐狸精所害，但也有其自己的过错，因此决定给她一个重新开始的机会。

在女娲宫中，妲己潜心修炼，跟随女娲娘娘学习道法，最终得以修成正果。虽然妲己曾经犯下过错，但她在修炼过程中表现出了坚定的信念和毅力，最终得到了女娲娘娘的认可和庇护。

因此，妲己的最终命运是得以重塑身体并在女娲宫中修炼成道，成为了一个有着深厚道法修为的仙人。