如果个人所得税专项扣除中的某一项作废，需要根据税务部门的规定进行重新申报。
根据《个人所得税法》及其实施条例的规定，如果专项扣除中的某一项作废，需要在作废后的一个月内进行重新申报。如果未在规定时间内重新申报，将无法享受该项专项扣除。
根据中国税收法规，个人所得税的申报、缴纳和清算应当在按年计算纳税期限内进行，不得提前或延期。因此，注销公司时不需要等到个人所得税申报和缴纳完成。
个人所得税和公司的注销程序是两个相互独立并且不相关的程序。注销公司时需要按照相关程序和法规进行，一般需要先取消营业执照，清理债务，处理财务报告等事宜。如果还有未缴清的税款，需要按照相应的规定进行清缴，以免影响到个人信用记录。
当然，如果公司的财务状况复杂，需要解决较多的税务问题（如税务审计等），为保障公司相关人员应尽义务，可能需要撤销个人所得税申请才能完成注销。但这种情况下，一般需要提前咨询相关税务专业人员，以便顺利地完成注销。