1. 目的地不同：内地公民因私事前往香港、澳门，凭我国公安机关签发的前往港澳通行证或者往来港澳通行证，从指定的口岸通行。护照的目的地则是第三国家。
2. 办理性质不同：港澳通行证，俗称双程证，是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。中华人民共和国护照是中华人民共和国公民出入国境和在国外证明国籍和身份的证件。
3. 签证或签注的办理机构不同：护照签证由大使馆签发，而港澳通行证由公安出入境部门办理。
4. 有效期不同：港澳通行证的签注有效期最长为1年，如果签注过期，还需要到公安出入境部门重新办理签注。
5. 作用不同：护照往往用于出国，而港澳通行证用于出境。
如果港澳通行证有签注那是可以的，但如果护照上没有相关国家的签证，香港也不会让你出境登机。
如果你有相关国家的签证，可以直接用有效的中国护照、第三方国家/地区签证及相关机票/行程单去香港，免签入境，可在香港逗留不超过7天。出境也是直接用护照就可以了。
港澳通行证主要有两种类别：个人旅游通行证和团队旅游通行证。
个人旅游通行证适用于个人前往港澳地区旅游、探亲、访友等非商务活动，申请时需要提供个人相关证件和资料，如身份证、户口本、照片等。而团队旅游通行证则适用于参加旅行团前往港澳地区旅游，申请时需要提供旅行团相关证件和资料。
两者的主要区别在于使用对象和申请流程，个人旅游通行证更加灵活方便，而团队旅游通行证则更适合参加旅行团的游客。选择哪种通行证要根据自己的具体需求和行程安排来决定。