可以辞退，只要员工满足被辞退的条件，依然是会被辞退的。合同制员工如果有《劳动合同法》规定的情形出现时，用人单位也可以依法解除劳动合同，不需要对合同制员工进行赔偿。

机构改革辞退合同制职工，不算违约，是劳动合同订立所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行的情形，用人单位可以按照规定解除合同，也可以按照规定裁员。

机构改革辞退合同工，应当按劳动者本单位工作年限每年支付一个月工资经济补偿金。劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。