如果本院撤回再审申请后，院长启动再审程序，通常会按照以下程序进行审理：

确定再审案卷：院长在启动再审程序后，会召集相关人员进行讨论，确定需要再审的案卷。

成立再审法庭：根据再审案卷的情况，会成立一个专门的再审法庭，负责审理该案件。

通知当事人：再审法庭成立后，会通过合法途径通知案件的当事人，告知他们案件将进行再审，并告知再审的时间和地点。

进行再审：再审法庭会按照法定的程序对案件进行审理，包括传唤证人、听取当事人的陈述、审查证据等。

出具再审裁定：再审法庭在对案件进行审理后，会出具再审裁定，对案件进行最终裁决。

在以上流程中，每个步骤都有严格的法律规定和程序要求，确保再审程序的公正、合法和透明。