单证员在工作中主要使用的是单证管理系统，这是一种专门用于处理和管理各种单证的软件系统。这个系统可以协助单证员高效地处理大量的单证工作，包括但不限于创建、编辑、审核、跟踪和管理各种单证，如进出口报关单、合同、发票、装箱单等。

单证管理系统通常具有以下功能：

单证创建和编辑：允许用户快速创建和编辑各种单证，提供丰富的模板和字段选择，以满足不同业务需求。

数据验证和审核：通过预设的规则和算法，对单证数据进行自动验证和审核，确保数据的准确性和合规性。

单证跟踪和管理：提供强大的单证跟踪功能，帮助用户实时掌握单证的状态和流向，确保单证处理的及时性和准确性。

数据分析和报表：通过对单证数据的深度分析，帮助用户发现业务趋势和问题，为决策提供有力支持。

此外，单证管理系统还可以与其他相关系统进行集成，如ERP、CRM、物流系统等，实现数据的共享和协同工作，提高工作效率和准确性。

需要注意的是，不同的行业和企业可能会根据自己的业务需求选择不同的单证管理系统。因此，在选择单证管理系统时，单证员需要充分考虑自己的实际需求和业务特点，选择最适合自己的系统。