1971年11月23日，省革委会决定，南京农学院与苏北农学院合并，组建江苏农学院，校址设在原苏北农学院。1972年1月，“江苏农学院”成立大会召开。1979年1月，中共中央办公厅电报通知农业部党组和江苏省委：中央已同意在原校址恢复南京农学院。原江苏农学院继续在原址办学，校名不变。
1992年，扬州师范学院、江苏农学院、扬州工学院、扬州医学院、江苏水利工程专科学校、江苏商业专科学校6所在扬省属高校合并组建扬州大学。
而江苏农学院的前身可以追溯到1952年全国高校院系调整时，由南通学院农科、苏南文教学院农教系和江南大学农艺系三部分组成的苏北农学院。
1971年，南京农学院迁扬和苏北农学院合并组建江苏农学院。
自合并后，扬州大学农学院历经多次调整，但一直沿用原名称至今。